Фамилия Зарубеева — редкий случай, когда прозвище почти полностью сохранило свою первоначальную форму, лишь обрастая типичным русским суффиксом принадлежности. Её основа — слово «зарубей». В диалектах русского языка, особенно в северных и сибирских говорах, «зарубнем» или «зарубеем» называли человека с грубой, рубленой внешностью, с резкими чертами лица, а также того, кто ходит с зарубкой (например, на посохе или на дереве как метка). Но есть и другая, более конкретная версия: «зарубей» — это человек, который делает зарубки, метки на деревьях, то есть лесной промысловик, знающий границы угодий. В условиях общинного землепользования такой человек был важной фигурой: он отмечал границы участков, охотничьих путей или бортей.

Суффикс -еев (вместо более привычного -ев) указывает на то, что основа слова оканчивалась на мягкий согласный или й: Зарубей → Зарубеев. Типичная модель: «чей сын?» — «Зарубеев». То есть фамилия образована как отчество от прозвища отца. Важно не путать её с похожей фамилией Зарубин: там основа «заруба» (производное от глагола «зарубить»), а здесь — конкретное прозвище «зарубей», что делает её более редкой и узкой по смыслу.

Географически фамилия тяготеет к старообрядческим регионам и северу России: встречается в Вологодской, Архангельской областях, а также в Сибири, куда переселенцы принесли свои прозвища. Носитель фамилии мог быть не просто лесником или охотником, а человеком, который «держал зарубки» — следил за порядком на лесных делянках. В современном мире фамилия остаётся малочисленной: по данным открытых источников, в России её носят не более нескольких сотен человек, и почти все они сосредоточены в тех же регионах, что и триста лет назад.