Фамилия Зарубенкова — женская форма от фамилии Зарубенков, которая образована по самой распространённой в русском языке модели: от прозвища или имени с помощью суффикса -ов. Суффикс -енк- в основе указывает на то, что исходное прозвище имело уменьшительно-ласкательный или «сыновний» оттенок: Зарубенок — буквально «маленький Заруба» или «сын Зарубы». Это типичная для восточнославянских фамилий конструкция, когда к основе на -а/-я добавлялся суффикс -енк- (сравните: Коваль → Коваленко, Солдат → Солдатенко), а затем уже стандартный русский суффикс -ов.

Корень «заруб-» прозрачен: он связан с глаголом «зарубить» или существительным «зарубка». Прозвище Заруба могли дать человеку по разным причинам. Самая вероятная — по действию: например, лесоруб, который делал зарубки на деревьях, или воин, оставивший след от удара саблей. В диалектах «заруба» иногда означало «зарубка, метка на дереве», и прозвище могло закрепиться за тем, кто ставил такие метки в лесу, или за человеком с заметным шрамом. Менее распространённая, но возможная версия — от глагола «зарубить» в переносном смысле: так могли назвать упрямого или резкого в словах человека («зарубил на носу»).

Фамилия Зарубенкова не относится к числу частых, но её география довольно широка. По данным открытых источников, носители фамилии встречаются в центральных областях России, в Поволжье и на Урале. Это говорит о том, что прозвище возникло не в одной конкретной местности, а в разных регионах независимо. Интересно, что фамилия Зарубенков фиксируется в документах XVII–XVIII веков среди служилых людей и крестьян, то есть социальный спектр носителей был широким.

С точки зрения словообразования, Зарубенкова — хороший пример того, как фамилия вбирает в себя и старый суффикс -енк-, характерный для украинской и южнорусской традиции, и типично великорусский -ов. Такая двойная маркировка нередко указывает на то, что предки могли быть выходцами с юга или запада, которые затем переселились в северные или центральные области, где фамилии «обрусевали» путём добавления -ов. Впрочем, в самом прозвище Зарубенок нет ничего специфически малороссийского — оно могло возникнуть и на русском Севере, где слово «заруба» тоже было в ходу.

Сравните с однокоренными фамилиями: Зарубин (от «заруба» без уменьшительного суффикса), Зарубкин (от «зарубка»), Зарубенко (без русского -ов). Зарубенкова стоит в этом ряду как самая «русифицированная» форма, что может указывать на более позднее закрепление фамилии в официальных документах.