Фамилия Зацерковные (и её мужская форма Зацерковный) ведёт начало от прозвища, которое давали человеку, жившему «за церковью». Это один из самых прозрачных по смыслу типов славянских фамилий — так называемые топографические прозвища, которые описывали не род занятий или внешность, а расположение дома или усадьбы относительно заметного ориентира. Церковь в селе или городе была главным зданием, и указание «за церковью» чётко выделяло человека среди соседей: «Зацерковный» — тот, чей дом стоит позади храма.

Словообразовательная модель здесь типична для восточнославянских фамилий: основа «за церковь» + суффикс -н-, который превращает пространственное отношение в прилагательное (сравните: «за рекой» — «заречный», «за лесом» — «залесный»). Фамилия закрепилась в форме прилагательного, что характерно для прозвищ, перешедших в фамилии без дополнительных суффиксов принадлежности (-ов, -ин). В русском языке такие фамилии чаще встречаются в форме Зацерковный, а в украинском — Зацерковний, причём множественное число Зацерковные может указывать либо на целый род, либо на семейную ветвь, которая писалась так в документах.

Точное место и время возникновения фамилии установить сложно: процесс формирования фамилий у славян растянулся на несколько столетий, с XV по XIX век. Однако географическая привязка к церкви говорит о том, что предки носителей фамилии жили в местности, где церковь была главным центром — скорее всего, в селе или небольшом городе. В отличие от фамилий, образованных от имён или профессий, топографические прозвища редко переходили в другие сословия: их чаще носили крестьяне и мещане, реже — казаки и духовенство. В случае с фамилией Зацерковные можно предположить, что предки были либо прихожанами, жившими рядом с храмом, либо людьми, чей участок земли граничил с церковным погостом.

Фамилия не получила широкого распространения — она встречается реже, чем однокоренные Зацерковный, Зацерковский или Зацерковенко. Это объясняется тем, что прозвище «зацерковный» было слишком конкретным: оно привязывало человека к одному месту и редко переходило с ним при переезде. Тем не менее, Зацерковные — это живой след того, как в простом бытовом указании («живёт за церковью») закрепилась целая семейная история.