Фамилия Зайнеевы (в исходной форме — Зайнеев) происходит от мужского личного имени Зайней, которое восходит к арабскому слову «зайне» — «украшение». Это имя давали с пожеланием, чтобы человек стал украшением рода, семьи или общины. Сама фамилия образована по русской патронимической модели: к основе имени добавили суффикс -ев, который указывает на принадлежность («сын Зайнея»). Такое сочетание восточного корня и русского фамильного форманта — характерная черта фамилий, возникших в среде тюркских народов, вошедших в состав Российского государства.

Корни фамилии уходят в XV–XVII века, когда носители тюркских имен и прозвищ активно вливались в состав русского дворянства и служилого сословия. Многие выходцы из Золотой Орды, от печенегов или половцев, поступая на русскую службу, принимали православие, но сохраняли родовые имена. Позже от этих имён и образовывались фамилии — так появились на свет Зайнеевы, а также их однокоренные «родственники»: Зайнуллины, Зайнутдиновы, Зайнуллины. Все они восходят к арабскому корню «зайн» со значением «красота, украшение», но различаются суффиксами и полными формами имён.

В отличие от многих фамилий, которые со временем утратили связь с исходным значением, Зайнеевы сохраняют её напрямую: имя Зайней — это не прозвище, а осознанное именование с положительным смыслом. Поэтому фамилию можно считать не просто родовым знаком, а памятником восточной письменности и культуры, закрепившимся на русской почве.

География фамилии сегодня не широкая, но устойчивая: чаще всего Зайнеевы встречаются в Татарстане, Башкортостане и соседних регионах, что подтверждает её тюркские корни. Встречаются варианты написания с одной «н» (Зайнеев) и с двойной (Зайнеев), но исторически верной считается форма с одной — от имени Зайней. Двойное «н» могло появиться под влиянием фамилий на -еев, где «н» принадлежит основе, или из-за ошибок в документах.