Фамилия Зайнеев образована от восточного мужского имени Зайней, которое, в свою очередь, восходит к арабскому корню «зайне» — «украшение». Имя Зайней — это одна из кратких или диалектных форм более полного арабского имени Зайнулла или Зайнаби, которое также несёт значение «красота» и «украшение». В тюрко-татарской среде такие имена были особенно популярны: родители называли так сына, желая, чтобы он стал украшением семьи и рода.

Модель образования фамилии — простая и прозрачная: к основе Зайней добавили русский патронимический суффикс -ев, который в Поволжье и Приуралье стал стандартным способом русификации тюркских фамилий. Так, Зайнеев буквально означает «сын Зайнея» или «потомок Зайнея». Интересно, что в документах XIX — начала XX века встречается и вариант написания Зайнеев (с двумя «е» подряд), который может указывать на местное произношение с долгим гласным.

Фамилия распространена преимущественно среди татар и башкир, а также встречается у других народов, испытавших влияние исламской культуры. Географически большинство носителей сосредоточено в Татарстане, Башкортостане и соседних областях — Оренбургской, Челябинской, Самарской. В этих краях имя Зайней, давшее фамилию, было в ходу ещё в XVIII веке, что подтверждается переписными книгами и метрическими записями.

Из-за того, что основа имени короткая и заканчивается на -ей, фамилия Зайнеев легко смешивается с однокоренными Зайнуллин, Зайнаков, Зайнашев. Но именно форма с суффиксом -ев и гласной «е» в корне указывает на конкретный источник — имя Зайней, а не на более длинные арабские прототипы.