Фамилия Зайнегабдинов — одна из тех сложных составных фамилий, где каждый слог несёт смысл, а корни уходят в арабо-мусульманскую культуру, переработанную татарской и башкирской языковой средой. В основе — личное имя Зайнегабдин, которое представляет собой слияние двух арабских элементов: «зайн» (украшение, красота) и «габд» (раб, слуга). Вместе — «украшение раба Всемилостивого» или «краса слуги Аллаха». Имя Зайнегабдин — вариант более известного Зайнулла или Зайнабетдин, где вторая часть отсылает к одному из эпитетов Бога.

Модель образования фамилии прозрачна: к имени Зайнегабдин добавили русский патронимический суффикс -ов, который в тюрко-мусульманской среде Поволжья и Приуралья стал стандартным способом оформления фамилий ещё в XIX веке. Суффикс указывает на принадлежность: «сын Зайнегабдина». Ударение, скорее всего, падает на последний слог: Зайнегабди́нов, хотя в бытовой речи возможны варианты.

Географически фамилия почти наверняка татарская или башкирская. По переписям и метрическим книгам конца XIX — начала XX века такие составные имена с корнем «габд» (Абдул, Габдулла, Абдурахман) особенно характерны для казанских, оренбургских и уфимских татар, а также для мишарей. Встречаются и у башкир, но реже. Сословно предки Зайнегабдиновых — скорее всего, государственные крестьяне или тептяри (сословие, платившее ясак), а не дворяне; среди духовенства такие имена тоже бытовали, но фамилия на -ов у мулл оформлялась не всегда.

Интересная деталь: в отличие от более частых Зайнуллиных или Зайнагутдиновых, форма Зайнегабдинов сохранила гласную «е» в первом слоге, что может указывать на диалектное произношение — характерное для западного диалекта татарского языка или для говора касимовских татар. В документах XIX века встречаются варианты Зайнегабдинов и Зайнегабдеев — второй показывает, что иногда фамилию образовывали не от полного имени, а от усечённой формы. Сегодня фамилия редкая, даже по татарским меркам, и её носители, скорее всего, сосредоточены в Татарстане, Башкортостане и Челябинской области.