Фамилия Зайнуков — один из тех случаев, где на слух всё кажется прозрачным, а при разборе начинаются споры. Самая очевидная версия: основа «Зайнук» — это диалектная или просторечная форма имени Зайнулла. Имя это арабское, составное: «Зайн» (украшение, краса) + «Алла» (Бог), то есть «украшение Аллаха». В тюркской среде, особенно у татар и башкир, такие имена были распространены, а суффикс -ук/-ык часто давал уменьшительно-бытовые варианты. Фамилия образована по русской патронимической модели: Зайнук → Зайнуков, то есть «сын Зайнука». В этом случае предок носителя фамилии был мусульманином, скорее всего из волжских татар или башкир, а сама фамилия закрепилась в XIX веке, когда у этих народов начали массово фиксировать фамилии по отцу.

Есть и вторая версия, менее вероятная, но имеющая право на существование. В некоторых тюркских языках «зайн» или «зайын» могло означать «заяц» (ср. башкирское «ҡуян», татарское «куян» — заяц). Однако фонетически переход «зайн» → «Зайнук» для обозначения зайца нехарактерен, и эта гипотеза слабее. Если бы корень был зооморфным, мы бы ожидали форму вроде «Куянов» или «Зайнбаев». Поэтому первая версия — с именем Зайнулла — признаётся основной.

Суффикс -ов в фамилии указывает на то, что фиксация происходила в русскоязычной канцелярии: священники или писцы записывали татарское имя по русскому шаблону. Фамилия встречается в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях, а также среди татарской диаспоры в Средней Азии. Зайнуковых немного, это не массовая фамилия, что говорит о её относительно позднем и локальном закреплении. В отличие от похожих «Зайнуллин» или «Зайнулов», вариант с -ук встречается реже и может указывать на конкретный говор или родственную группу.

Редкость фамилии в том, что она не попала в массовые списки дворянских или купеческих родов — её носители, скорее всего, были крестьянами или ремесленниками. Никаких громких исторических персонажей с такой фамилией не зафиксировано, что для рядовой патронимической фамилии совершенно нормально.