Фамилия Зайнуев указывает на тюркские корни и восходит к мужскому имени Зайну — диалектной форме более полного имени Зайнулла. Это имя составное, арабского происхождения. Первая часть — «зайн» означает «украшение», вторая — «улла» («Аллах»). Вместе имя Зайнулла переводится как «украшение Аллаха». Такой тип имён, прославляющих Бога, широко распространён в мусульманской традиции (сравните с именами Абдулла — «раб Аллаха» или Рахматулла — «милость Аллаха»).

В быту полное имя часто сокращали до первых слогов, поэтому Зайнулла превращалось в Зайну. Русский суффикс -ев (вместо -ов) появился из-за мягкого окончания основы: после «й» и мягких согласных по правилам русской грамматики пишется -ев. Таким образом, Зайнуев — это «сын Зайну» или «потомок Зайну».

Фамилия встречается преимущественно у народов Поволжья и Приуралья — татар, башкир, а также у чеченцев и ингушей, что объясняется общей исламской традицией именования. В дореволюционной России носители фамилии относились к разным сословиям, но чаще всего к государственным крестьянам или мещанам. Встречаются также варианты написания Зайнуев — с ударением на второй или третий слог, что зависит от местного говора.