Фамилия Зайнудинов — одна из тех, что прямо ведут к мусульманскому Востоку и тюркской или кавказской среде. Её основа — арабское имя Зайнуддин (Зайн ад-Дин), что переводится как «краса веры» или «украшение религии». Это составное имя: «зайн» (красота, украшение) и «дин» (вера, религия). Такие имена были популярны в исламском мире, и на территорию России они попали вместе с распространением ислама среди татар, башкир, народов Кавказа и Средней Азии.

Суффикс -ов указывает на русскую модель образования фамилий, но с восточной основой. В тюркской среде фамилии на -ов часто давали по отцу: Зайнудинов — буквально «сын Зайнуддина». Это типичный патроним, который закрепился в качестве фамилии в XIX–XX веках, когда у мусульманских народов Российской империи начали массово вводить русские фамилии по отчеству.

Географически фамилия распространена среди татар, башкир, кумыков, лезгин и других народов Дагестана. Встречаются и чеченские носители. Из-за того, что имя Зайнуддин было очень популярным, однофамильцев много, и они не связаны единым родом. Интересно, что в некоторых тюркских языках имя могло звучать как Зайнутдин или Зайнулла, но в русской записи закрепился именно вариант с «и».

Редкая деталь: в старых метрических книгах и переписях можно встретить написание «Зайнутдинов» — это не ошибка, а отражение живого произношения, где звук «д» смягчался или переходил в «т» под влиянием соседних языков. Но современная норма — через «д». Социально носители фамилии чаще всего были крестьянами или ремесленниками, но встречались и муллы, и купцы — имя «краса веры» часто давали людям, связанным с религией.