Фамилия Зайнудинова образована от мужского имени Зайнудин, которое пришло в русский язык из арабского через тюркское посредничество. В основе лежит арабское زين الدين (Зайн ад-Дин), что переводится как «украшение веры» или «краса религии». Имя было распространено среди народов, исповедующих ислам, особенно у татар, башкир, народов Кавказа и Средней Азии. Женская форма Зайнудинова указывает, что носительница — потомок (дочь или жена) человека по имени Зайнудин.

Суффикс -ов- в фамилии указывает на русскую модель образования: Зайнудин → Зайнудинов → Зайнудинова. Такой способ типичен для фамилий, которые возникли в XIX–XX веках у крещёных или обрусевших мусульманских народов, а также у тех, кто жил в смешанных регионах, например в Поволжье или на Урале. В отличие от фамилий с суффиксом -ин, которые чаще встречаются у марийцев или чувашей, -ов- характерен для татарских и башкирских фамилий в русской записи.

Географически фамилия Зайнудинова чаще всего встречается в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях. Это объясняется историей расселения татар и башкир, а также активным взаимодействием этих народов с русским населением. В дореволюционной России носители такой фамилии могли быть как крестьянами, так и купцами или духовными лицами — само имя Зайнудин часто давали в семьях мулл и образованных людей.

Интересная деталь: в некоторых старых записях фамилию могли писать через «е» — Зейнудинов, что отражает диалектное произношение. Встречаются и варианты с двойным «н» — Зайнуддинов, более близкие к арабскому написанию, но в русской традиции закрепилась упрощённая форма с одной «д». Фамилия не имеет отношения к русским корням «зай» или «заяц», хотя на слух может показаться похожей — это чисто арабское имя, переосмысленное в тюркской среде.