Фамилия Зайнуев — один из тех родовых имен, которые прямо указывают на имя предка. В её основе лежит имя Зайну — диалектный, сокращённый вариант мужского тюркского имени Зайнулла. Такое стяжение (Зайнулла → Зайну) типично для устной бытовой речи: длинное имя укорачивали, чтобы удобнее было звать человека в семье или в общине.

Имя Зайнулла составное, арабского происхождения. Первая часть — «зайн» (زين), означает «украшение», «красота», «драгоценность». Вторая часть — «улла» (الله), то есть «Аллах». Вместе имя переводится как «украшение Аллаха», «краса Аллаха» — один из хвалебных теофорных антропонимов, распространённых в исламской культуре. Такие имена давали с надеждой, что ребёнок станет украшением веры и будет отмечен божественной благодатью.

Модель образования фамилии простая и типичная для русского языка: к основе Зайну- добавили патронимический суффикс -ев. Так, «чей?» — Зайнуев, то есть сын, потомок Зайну. Аналогичным способом образованы, например, фамилии Абдулаев (от Абдулла) или Муртазаев (от Муртаза). Суффикс -ев, а не -ов, стоит после мягкого согласного (звук [н’] в конце основы Зайну-), что соответствует правилам русской орфографии.

Фамилия Зайнуев — памятник восточной, прежде всего тюрко-татарской и кавказской, культуры. Носители этой фамилии чаще всего встречаются среди татар, башкир, а также у народов Северного Кавказа, где были сильны традиции арабо-мусульманской ономастики. Однако окончательно говорить о точном времени и месте возникновения каждой конкретной ветви Зайнуевых можно лишь на основании генеалогических исследований — процесс формирования фамилий был длительным и не всегда привязан к одной местности.