Фамилия Зайнуева — один из тех случаев, когда за русским по форме окончанием стоит тюркское имя с глубоким арабским корнем. Вопреки распространённому мнению, что фамилии на «-ев» непременно русские, здесь мы видим типичную модель адаптации: имя Зайну — диалектный, сокращённый вариант имени Зайнулла — оформили русским патронимическим суффиксом «-ев», и получилось «сын Зайну». То есть морфология проста, а вот этимология имени требует разбора.

Имя Зайнулла — составное арабское. Первая часть, Зайне (زينة), означает «украшение», «краса». Вторая — «улла» — стяжённая форма от «Аллах». В сумме имя переводится как «украшение Аллаха». Такие имена с компонентом «-улла» (Абдулла, Убайдулла, Зайнулла) в тюркской среде давали с религиозным смыслом: подчеркнуть, что человек — драгоценность, дарованная Богом. Имя Зайну — это обиходное усечение, как в русском языке Александр превращается в Сашу.

Редкость фамилии в том, что она сохранила именно эту краткую форму. Полное имя Зайнулла дало бы фамилию Зайнуллин (через татарскую модель с «-ин»), а усечённый вариант Зайну — это, скорее всего, разговорная речь, закреплённая в документах. Географически такие фамилии чаще всего фиксируются среди башкир и татар, особенно в Челябинской и Оренбургской областях, где были сильны мусульманские традиции и при этом активно шла русификация имён через суффиксы.

Написание «Зайнуева» (с «е», а не «а» в окончании) — стандартный родовой вариант для женщин, мужская форма — Зайнуев. В метрических книгах XIX века могли встречаться колебания: Зайнуев, Зайнуллин, Зайнулов, в зависимости от того, какую форму имени записал писарь. Но именно вариант с «-ев» указывает на то, что предок носителя фамилии был записан в официальных бумагах как Зайну, без полного отчества.

Сословно носители фамилии относились к государственным или ясачным крестьянам, реже — к тептярям и башкирам-вотчинникам. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что логично: имя Зайнулла было распространено в простонародной среде, а не в аристократической.