Фамилия Зайнушко звучит необычно для русского уха, и это подсказка: её корни, скорее всего, не в славянском прозвищном фонде, а в тюркском или арабском именослове. Основа «Зайн-» восходит к арабскому имени Зайн (Zayn), что означает «краса», «украшение» или «великолепие». В исламской традиции это имя распространено в формах Зайн, Зайнулла (краса Аллаха) или Зайнаб. Суффикс «-ушко» — типичный для украинской, белорусской и южнорусской ономастики уменьшительно-ласкательный формант. Он превращает полное имя в прозвище или фамилию по модели «чей?»: Зайнушко — буквально «маленький Зайн» или «потомок Зайна».

Географически фамилия тяготеет к западным и юго-западным регионам бывшей Речи Посполитой. Наибольшая концентрация носителей Зайнушко фиксируется на территории современной Беларуси (особенно в Гродненской и Брестской областях) и в восточных воеводствах Польши. Это объяснимо: именно здесь веками жили татарские общины, которые переходили на славянские языки, но сохраняли мусульманские имена. Фамилия могла возникнуть в среде белорусских или польских татар — потомков выходцев из Золотой Орды и Крымского ханства. Они получали фамилии на «-ко», «-ук», «-ич» от своих личных имён, и Зайнушко — один из таких ономастических гибридов.

Менее вероятная, но возможная версия — образование от прозвища, связанного с животным «заяц» (ср. диалектные «зайнушка», «зайка»). Однако суффикс «-ушко» при таком корне нехарактерен для русских фамилий: обычно мы видим Зайцев, Зайкин, Зайчиков. Форма Зайнушко с ударным корнем и мягким суффиксом выдаёт иноязычный источник. Если бы фамилия происходила от зайца, она бы звучала как Зайковский или Зайченко, но не Зайнушко.

В сословном отношении носители фамилии не принадлежали к высшей аристократии. Скорее всего, это были крестьяне, мещане или однодворцы. Среди белорусских татар встречались как земледельцы, так и военные, служившие в польских хоругвях. Фамилия Зайнушко не вошла в число дворянских родов Российской империи, что подтверждает её «простонародное» происхождение. Однако уникальность её в том, что она — живое свидетельство культурного синтеза: арабское имя, обработанное славянским суффиксом, закрепилось на границе двух миров.