Фамилия Зайнеева — женская форма, а мужская, Зайнеев, образована от тюркского имени или прозвища. Основа здесь — «Зайни» или «Зайне», что восходит к арабскому زين (зайн) — «украшение», «красота», «великолепие». В исламской ономастике имя Зайни (Зайне) встречается нередко, часто как часть сложносоставных имён вроде Зайнулла (украшение Аллаха) или Зайнаб (украшение отца). Фамилия, таким образом, означает «потомок (или принадлежащий) Зайни».

Суффикс -ев указывает на русскую модель патронимической фамилии, адаптированную для тюркских основ. В татарской и башкирской среде, откуда, скорее всего, происходит эта фамилия, фамилии на -ев/-ов — самый распространённый способ русификации, когда в XVIII–XIX веках крещёным и некрещёным тюркам давали фамилии по отцу. Если бы фамилия осталась в тюркской форме, она звучала бы как Зайни улы (сын Зайни) или просто Зайни.

Интересная деталь: написание «Зайнеева» с двойным «е» в корне — не случайность. В татарском языке имя часто произносится как «Зәйни», где звук «ә» близок к русскому «э». При записи метрических книг или переписи писарь мог передать его как «Зайне», откуда и пошла фамильная форма. Встречаются варианты Зайниев, Зайнуллин, но Зайнеев — более редкий, локальный вариант, привязанный к конкретному роду.

По географии фамилия сосредоточена в Татарстане и Башкортостане, а также в татарских диаспорах Урала и Западной Сибири. Носители — потомки крестьян или ремесленников, чьи предки носили имя Зайни. Сословная принадлежность была разной: от государственных крестьян до купцов, но специфических сведений о дворянском статусе или массовой известности нет. Фамилия не частая, но устойчивая — живёт уже минимум три-четыре поколения, сохраняя связь с арабским корнем, означающим красоту.