Фамилия Зайнетдинова происходит от арабского мужского имени Зайнеддин (в русской записи часто встречается как Зайнетдин). Имя это составное: «зайн» переводится как «украшение», «дин» — «вера, религия». Вместе — «украшение веры». Имя было широко распространено среди мусульманских народов, в первую очередь у татар и башкир, поэтому и фамилия Зайнетдинова — типично татарская или башкирская по происхождению.

Модель образования фамилии простая и характерная для русского языка: к основе имени Зайнетдин добавили суффикс -ов (с фонетическим чередованием «д» на «д» перед «и» получилось Зайнетдинов), а затем — женское окончание -а. Суффикс -ов/-ев в данном случае не указывает на русское происхождение, а лишь оформляет фамилию по русской грамматической модели, что было обычной практикой при записи нерусских фамилий в документах Российской империи.

Поскольку имя Зайнетдин было популярным, фамилия встречается не в одном регионе, а разбросана по территориям с татарским и башкирским населением: Татарстан, Башкортостан, Оренбургская, Челябинская области, а также среди татарской диаспоры в других частях России. Окончательный ответ о том, в каком именно селении или сословии сформировалась ветвь конкретного рода Зайнетдиновых, может дать только генеалогическое исследование — например, изучение метрических книг мечетей или ревизских сказок. Без этого можно лишь уверенно говорить об этнической и языковой основе фамилии.