Фамилия Зайнагетдинова — редкий пример, где основа происходит не от тюркского имени, а от арабского через исламскую традицию. Её носительница (форма на -ова указывает на женщину) происходит из семьи, где предок носил имя Зайнагетдин. Это имя сложное: корень «зайн» (زين) означает «украшение», «краса», а «ад-дин» (الدين) — «вера», «религия». Вместе — «украшение веры». Такие имена с компонентом «дин» (Гибадуллин, Нуртдинов) давали в среде мусульман Поволжья и Приуралья, особенно среди татар и башкир.

Мужская форма фамилии — Зайнагетдинов. Суффикс -ов типичен для русской адаптации тюркских фамилий, но здесь он присоединился к арабскому имени, прошедшему через татарскую фонетику. В исходном арабском произношении имя звучало бы как «Зайн ад-Дин», а в татарском языке «айн» перешло в «ай», и появился гласный «а» между корнями — получилось Зайнагетдин. Похожая модель у фамилий Зайнутдинов, Зайнуллин.

Географически фамилия почти не встречается за пределами Татарстана и Башкортостана. Если искать корни, стоит обратить внимание на деревни в Предкамье или Закамье — там в XVIII–XIX веках муллы и зажиточные крестьяне часто носили имена с религиозным значением. В отличие от фамилий на -иев (например, Зайнуллиев), форма на -ов говорит о более поздней русификации, когда запись в метриках уже вели на русский манер.

Необычная черта — буква «г» в середине. В татарском языке на стыке корней мог появиться гортанный звук, похожий на «г», который при записи кириллицей закрепился. В других вариантах той же основы (Зайнадинов, Зайнетдинов) этой буквы нет. Так что написание Зайнагетдинова — маркер конкретного диалекта или даже ошибки писаря, которая стала фамильной нормой.