Фамилия Зайнагутдинов — один из тех случаев, когда русская фамильная модель на -ов нарастилась на мусульманское имя, и понять её можно только через арабский корень. Основа здесь — сложносоставное мужское имя Зайнагутдин, которое в тюрко-татарской среде записывали по-разному: Зайнутдин, Зайнуддин, Зайнагутдин. Первая часть «зайн» с арабского означает «украшение», «краса», вторая — «ад-дин» — «веры», «религии». В сумме получается «украшение веры» — распространённый тип имён-комплиментов в исламской ономастике, где человека называли не по внешности, а по желаемому духовному качеству.

Суффикс -ов указывает на русскую модель образования фамилий: буквально «сын Зайнагутдина». Такие фамилии у татар, башкир и других тюркских народов Поволжья и Приуралья появлялись в XIX веке, когда начался массовый переход к паспортной системе. До этого человека называли по отцу — Зайнагутдин улы — а при записи в метрики или ревизские сказки русские чиновники добавляли стандартное окончание. Поэтому Зайнагутдиновы — это не дворянский род, а потомки крестьян, ремесленников или мулл, носивших это имя.

Интересная деталь: в отличие от более частых Зайнутдиновых, форма Зайнагутдинов сохранила диалектное или просторечное произношение — с гласной «а» на стыке. В литературном арабском имени «Зайн ад-Дин» первый слог читается как «зайн», но в тюркских языках он часто стягивался в «зин» или «зен». Вариант «Зайнагутдин» — более архаичный, он встречается в записях XIX века у мишарей и казанских татар. Фамилия, таким образом, фиксирует не только имя, но и местный говор её первых носителей.

Географически Зайнагутдиновы концентрируются в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях. Встречаются и в Средней Азии, куда фамилия попала с переселенцами в советское время. Среди известных носителей нет громких исторических фигур — это фамилия людей, которые не стремились в столицы, а оставались на своей земле. В этом её типичность и одновременно ценность: она не выдумана чиновником, а выросла из реального имени реального человека.