Фамилия Зайнагетдинов — одна из тех, что сразу указывает на исламские корни, но с русским суффиксом. В ней слились арабское имяобразование и славянская модель фамилии. Если разобрать её по частям, становится ясно: перед нами отчество, превращённое в фамилию.

Основа — мужское имя Зайнагетдин. Это сложное арабо-персидское имя. Первая часть «зайн» (زين) по-арабски означает «красота», «украшение», «лучшее». Вторая — «ад-дин» (الدين) — «вера», «религия», «вероисповедание». Вместе получается «красота веры» или «украшение религии». Имя Зайнагетдин — типичный пример мусульманских имён с корнем «дин», которые часто давали в семьях, желавших подчеркнуть благочестие. Встречаются варианты Зайнутдин, Зайнабетдин, Зайнагабетдин — все они восходят к тому же арабскому словосочетанию, но с разными огласовками и диалектными особенностями.

Русский суффикс -ов присоединили к тюркскому имени. В Поволжье и на Урале, где жили татары и башкиры, это был обычный способ русификации: брали имя отца и добавляли окончание, как в русских фамилиях. Так Зайнагетдинов означает «сын Зайнагетдина» или «потомок Зайнагетдина». В отличие от чисто русских фамилий на -ин, здесь работает именно модель с -ов, характерная для фамилий татарских мурз и служилых людей, которые переходили на русскую систему фамилий в XVI–XIX веках.

Географически фамилия плотно привязана к Волго-Уральскому региону: Татарстан, Башкортостан, Оренбургская, Челябинская, Свердловская области. Встречается и у казанских татар, и у башкир, и у мишарей. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках фамилию могли записывать по-разному: Зайнагетдинов, Зайнагутдинов, Зайнагатдинов. Разница в написании связана с тем, что в тюркских языках гласные звучат не так, как в русском, и при записи на слух чиновники передавали их по-своему. Например, «у» вместо «е» во втором слоге — это не ошибка, а отражение местного произношения.

Сословная принадлежность у носителей фамилии была разной. Среди Зайнагетдиновых встречались и муллы, и торговцы, и государственные крестьяне, и военные. В Татарстане и Башкортостане эта фамилия не редкая, но и не массовая. В Москве или Петербурге она, скорее всего, появилась в XX веке с миграцией.

Коротко: фамилия образована от арабского имени «украшение веры» по русской модели отчества. Предки — татары или башкиры, жившие в Поволжье.