Фамилия Зайнагатдинов — тюркская по происхождению, а точнее татаро-башкирская. Её основа — сложное арабское имя, которое через исламскую традицию пришло к волго-уральским народам. Разберём её по частям, чтобы понять, что она значила для предков.

Имя «Зайнагатдин» (или «Зайнагатдин») состоит из двух арабских корней: «зайн» (زين) — «красота», «украшение» и «гатдин» (الدين) — «вера», «религия». Вместе это означает «краса веры» или «украшение религии». Такие имена-комплименты — типичная модель для исламского мира: родители желали ребёнку быть украшением для общины, образцом благочестия. Суффикс «-ов» превращает имя отца (Зайнагатдин) в родовое прозвище — «сын Зайнагатдина». Это стандартная русская модель оформления фамилий, которая закрепилась у татар и башкир после переписей населения в XIX веке, когда требовалась фамилия по отцу.

Географически фамилия плотнее всего привязана к Татарстану, Башкортостану и Оренбургской области. Встречаются варианты написания: Зайнагатдинов, реже Зайнагатдинов (с одной «а» в середине) или Зайнагатдинов (с «е»). Разница обычно объясняется местными диалектами или ошибками писарей при записи — в XIX веке унификации не было, и писали на слух.

Интересная деталь: в отличие от многих фамилий, образованных от арабских имён, здесь сохранилась полная форма имени без усечения. Например, от имени «Зайн» (краткая форма) пошли бы фамилии Зайнуллин или Зайнутдинов. «Зайнагатдинов» же — более редкий, «длинный» вариант, что говорит о том, что предок носил именно полное имя, а не его сокращённый бытовой вариант. Социально носители фамилии почти всегда были мусульманами, часто из среды торговцев, ремесленников или духовенства — в татарской среде имя с корнем «дин» (вера) давали людям, от которых ожидали религиозной учёности или уважения в общине.