Фамилия Зайнагатдинова — одна из тех, где редкая основа сразу выдаёт этническое и религиозное происхождение. Это женская форма фамилии Зайнагатдинов, которая образована от мужского личного имени Зайнагатдин. Разбирать её стоит не с суффикса (тут всё прозрачно: -ов/-ев или -ин, как у большинства русских фамилий на -ов), а с корня, который несёт главную смысловую нагрузку.

Имя Зайнагатдин — сложносоставное, арабо-персидское, типичное для мусульманской ономастики Поволжья и Приуралья. Первая часть «зайн» (زين) с арабского переводится как «красота», «украшение». Вторая — «агатдин» — искажённое произношение арабского «ад-дин» (الدين), то есть «вера», «религия». В сумме имя означает «красота веры» или «украшение религии». Это не прозвище, не профессия, а теофорное (связанное с Богом) имя, которое давали ребёнку с пожеланием, чтобы он стал гордостью и украшением своей общины.

Морфологически фамилия строится по тюрко-русской модели: к арабо-персидскому имени добавляется сначала тюркский патронимический суффикс (здесь он не выражен отдельно, имя уже готовое), а затем русский фамильный суффикс -ов. Усечение женского окончания -а даёт Зайнагатдинову. Такая гибридная модель — обычное дело для татарских, башкирских и части казахских фамилий, которые вошли в русскую официальную систему в XIX–XX веках.

Географически фамилия привязана к регионам с компактным проживанием татар и башкир: Татарстан, Башкортостан, Оренбургская, Челябинская, Свердловская области. Встречается она реже, чем распространённые Зайнуллин или Зайнутдинов, что указывает на более локальное бытование исходного имени. Поскольку основа имени — религиозная, предки носителей фамилии с высокой вероятностью были мусульманами-суннитами, возможно, из среды мулл, учителей или просто набожных крестьян, которые чтили традицию давать детям «красивые» имена с религиозным смыслом.

Отдельно стоит сказать о написании. Вариант «Зайнагатдинова» — это русифицированная транслитерация. В оригинале, на татарском или арабской графике, имя выглядело бы как زين الغدين (Зайн аль-Гадин), но в бытовом произношении произошло стяжение: «аль» перешло в «а», и получился удобный для русского уха «Зайнагатдин». Таких фонетических упрощений в фамилиях татарского происхождения множество, и они помогают проследить, как имя адаптировалось в иноязычной среде.