Фамилия Зайнагова — женская форма от Зайнагов, в основе которой, судя по всему, лежит тюркское или кавказское имя. Самая вероятная версия связывает её с арабским именем Зайнаб (Зейнаб), что означает «полная», «крепкая» или «украшение отца». В тюркских языках, особенно в кумыкском и ногайском, имя могло трансформироваться в Зайнаг, Зайнак — с характерным для этих языков упрощением конечного звука. Суффикс -ов/-ев типичен для фамилий, которые возникали на территории Российской империи, в том числе в среде горских народов, где русская администрация оформляла родовые имена по общероссийской модели.

Географически фамилия Зайнагова наиболее плотно представлена в Дагестане и Чечне, реже встречается в других регионах Северного Кавказа. Это указывает на то, что предки носителей фамилии были, скорее всего, кумыками, чеченцами или аварцами, у которых имя Зайнаб и его производные были распространены. Интересно, что в некоторых местных говорах фамилия могла писаться через «е» — Зейнагова, что ближе к исходному арабскому звучанию, но написание с «а» закрепилось под влиянием местного произношения.

Если отбросить версию с арабским именем, есть гипотеза, что основа связана с тюркским словом «зайн» (золото, украшение), но она менее убедительна: в тюркских языках прилагательные редко становились личными именами в чистом виде, а фамилии образовывались именно от имен. В любом случае, корень фамилии — не ремесло и не прозвище, а личное имя, которое давали мальчику при рождении. Со временем имя Зайнаг превратилось в фамилию, закрепившуюся за потомками.

Словообразовательная модель проста: основа Зайнаг + патронимический суффикс -ов (в мужском роде) и -ова (в женском). В русском языке это стандартный способ фиксации отчества или родового имени, поэтому фамилия не содержит дополнительных суффиксов, указывающих на сословие (как -ский у дворян или -ич у знати). Носители фамилии, скорее всего, относились к свободным горцам или крестьянам, у которых фамилии в современном виде появились в XIX — начале XX века при переписях и паспортизации.