Фамилия Зайнаков образована по распространённой русской модели с суффиксом -ов, который присоединяется к основе на согласный. В данном случае основа — «Зайнак». Это имя или прозвище, скорее всего, тюркского происхождения. В тюркских языках «зайнак» (или близкие формы «зайни», «зайну») восходят к арабскому «зейн» — «украшение», «красота», «блеск». Имя Зайнак или его варианты (Зайнулла, Зайнетдин) бытовали у татар, башкир и других народов Поволжья и Урала, где подобные имена с корнем «зайн-» были распространены как часть мусульманской традиции.

Фамилия Зайнаков — относительно редкая. Её география тяготеет к регионам с татарским и башкирским населением: Татарстан, Башкортостан, Оренбургская область. Однако встречаются носители и в других частях России, что связано с миграциями. Поскольку суффикс -ов типичен для русских фамилий, это указывает на то, что предок Зайнаковых, скорее всего, был крещёным татарином или башкиром, либо представителем другого тюркского народа, который попал в русскую среду и получил фамилию по отцу: Зайнак — сын Зайнака.

В отличие от многих фамилий с очевидным прозвищным корнем (например, от профессии или внешности), Зайнаков напрямую связан с личным именем. Это говорит о том, что родоначальник, вероятно, был уважаемым человеком, которого называли по имени без дополнительных прозвищ. Интересно, что фамилия могла фиксироваться и в форме Зайнаковъ (до реформы орфографии 1918 года), но написание с «о» в суффиксе остаётся стабильным, что отличает её, скажем, от фамилий с суффиксом -ин (Зайнакин), которые тоже возможны, но встречаются реже.

Однокоренные фамилии — Зайнаковский, Зайнаковцев — практически не встречаются, что подтверждает локальный и недворянский характер исходной фамилии. Среди известных носителей можно упомянуть разве что персонажей местной истории или современников, но широкой известности фамилия не получила. Для исследователя она интересна как пример ассимиляции тюркского антропонима в русской фамильной системе.