Фамилия Зайнахов — один из тех случаев, когда на слух кажется, что корень очевиден, а на деле всё сложнее. Если разбить её на части, первая ассоциация — с тюркским «зайнак» или «зайнах», что может означать «зайчик», «заяц» (сравните с татарским «заян» или башкирским «йәйән»). Но это скорее народная этимология. Словообразовательная модель указывает на другую версию: суффикс -ов здесь не русский патронимический, а скорее адаптированный тюркский окончание, которое в русской среде просто прикрепили к основе, как это часто делали с фамилиями выходцев из мусульманских регионов. Основа «Зайнах» — это, вероятно, арабское имя Зайнаб (زينب) в диалектной огласовке, где конечное «б» перешло в «х» под влиянием местных говоров. Зайнаб — одно из самых распространённых женских имён в исламском мире, его носили, например, дочери пророка Мухаммеда. Однако фамилия, как ни странно, могла образоваться и от мужского имени Зайнах, которое встречается у тюркских народов как уменьшительная форма от Зайнулла (араб. «украшение Аллаха»).

Географически фамилия Зайнахов привязана к Волго-Уральскому региону — Татарстану, Башкортостану, а также к Оренбургской и Челябинской областям. В метрических книгах XIX века она встречается у татар-мишарей и башкир, причём в разных вариантах написания: Зайнаков, Зайнахов, изредка Зайникова. Это говорит о том, что фамилия фиксировалась на слух при переписях, и единого стандарта долго не было. Интересно, что в некоторых деревнях бытовала форма без суффикса — просто Зайнах, что характерно для прозвищного типа фамилий у тюркских народов, где прозвище становилось наследственным без дополнительных окончаний.

Если отталкиваться от прозвищной версии, то Зайнах могло быть уличным именем человека с быстрыми движениями, светлыми волосами или даже с заячьей губой — в народной среде такие прозвища давали без злого умысла, по внешнему признаку. Но более правдоподобно, что основа всё-таки имя собственное. Таким образом, предки носителей фамилии Зайнахов — скорее всего, крестьяне или ремесленники из татарских или башкирских деревень, которые получили фамилию по имени деда или отца, как это было принято при проведении ревизий в XVIII–XIX веках. В отличие от русских фамилий на -ов, где суффикс указывает на принадлежность («чей?»), здесь он просто русифицировал исходное имя, адаптируя его к документам империи.