Фамилия Зайнамов — один из тех случаев, когда корень указывает на восточное происхождение, а русский суффикс — на то, что предки давно жили в среде, где фамилии оформляли по-русски. Основа здесь — личное имя Зайнам. Оно составное, арабо-персидское: «зайн» (араб. زين) означает «красота», «украшение», «изящество», а «нам» (перс. نام) — «имя», «слава». Вместе имя можно перевести как «красивое имя», «украшение имени» или «тот, чьё имя прославлено». Такие имена давали с пожеланием, чтобы человек прославился добрыми делами или был заметен среди других.

Модель образования типична для тюрко-татарской среды, перешедшей на русскую форму фамилий: к основе Зайнам прибавили патронимический суффикс -ов. Это означает «сын Зайнама» или «потомок Зайнама». Встречаются и однокоренные фамилии — Зайнамов, Зайнамин, Зайнамутдинов, но Зайнамов — самая простая и распространённая форма. Если судить по географии, фамилия характерна для татар, башкир, а также для народов Кавказа, где имя Зайнам тоже бытовало, но в русской записи закрепилось именно так.

Стоит обратить внимание на ударение. В самой фамилии оно обычно падает на второй слог: Зайна́мов. Но в имени-основе, особенно в татарском произношении, возможен вариант с ударением на первый слог — За́йнам. Это не ошибка, а следствие региональных говоров. Иногда фамилию путают с Зайнуллин или Зайнутдинов, но это разные корни: там «зайн» соединяется с арабскими словами «аллах» или «ад-дин» (вера), а у Зайнамова — просто «имя».

В дореволюционных документах фамилия могла писаться по-разному: Зайнамов, Зайнаммов, реже Зайнамав. Двойная «м» — результат стяжения при склонении (Зайнам + ов давало на слух двойное «м»), но в современном написании закрепился один вариант. Сословно предки Зайнамовых чаще всего были крестьянами или мещанами, реже — служилыми татарами, так как имя Зайнам не было княжеским или духовным, а бытовало в народной среде.