Фамилия Зайончковский — один из примеров того, как за шляхетским суффиксом «-ский» может скрываться совсем не шляхетская основа. Формант «-ский» указывает на принадлежность к месту или роду, но в данном случае привязанность к территории вторична: сначала появилось прозвище, а уже от него — фамилия.

Прозвище Зайончик, от которого образована фамилия, ономасты связывают с белорусским глаголом «заенчыць» — «замучиться, застонать». Человек, получивший такое прозвище, мог быть болезненным или просто иметь привычку жаловаться на жизнь. Это бытовая, даже несколько ироничная мотивировка, типичная для народных прозвищ. Менее убедительна версия, возводящая прозвище к «зайцу»: в славянской традиции «заячьи» фамилии обычно образовывались напрямую от слова «заяц» (Зайцев, Зайченко), а форма «Зайончик» для такого случая нехарактерна. Ещё одна гипотеза — от глагола «заять» в значении «прыгать» — выглядит натянутой и не подкрепляется данными диалектных словарей.

Географически фамилия Зайончковские тяготеет к западнорусским землям и Польше. В Речи Посполитой суффикс «-ский» был маркером благородного происхождения, но многие крестьянские и мещанские семьи перенимали эту модель при получении фамилий в XIX веке. Поэтому носитель фамилии Зайончковский мог быть как потомком мелкой шляхты, так и выходцем из крестьян, чью фамилию оформили по панскому образцу.

В польском языке существует однокоренная фамилия Zajączkowski (от zajączek — «зайчик»), но наше Зайончковский — не её прямая калька. Белорусский корень «заенч-» даёт другое значение, и это отличает фамилию от более распространённых «заячьих» аналогов.