Фамилия Зайончковский — это типичная фамилия на -ский, которая указывает на дворянское или шляхетское происхождение её первых носителей в Речи Посполитой. Такая модель образования (основа + суффикс -ский) в XVI–XVII веках закреплялась за землевладельцами по названию их поместья или родового гнезда. Однако в случае с Зайончковскими корень фамилии не地名, а прозвищный, что встречается реже и делает эту фамилию особенно интересной для этимолога.

В основе лежит прозвище Зайончик, и его происхождение спорно. Самая убедительная версия связывает его с белорусским глаголом «заенчыць» — «замучаться, застонать». Если это так, то прозвище давали человеку, который постоянно жаловался, хворал или ныл. В крестьянской среде, где ценилась выносливость, такая черта сразу бросалась в глаза и закреплялась в прозвище. Похожая логика прослеживается в фамилиях Скорбный, Недоля, Квелый — все они маркируют нездоровье или тяжёлую судьбу.

Менее надёжная, но популярная гипостаза выводит Зайончика от слова «заяц». Здесь срабатывает древняя славянская традиция: давая ребёнку «звериное» прозвище, родители символически прятали его от злых сил, как бы говоря: «это не человек, а зайчонок, не троньте его». В этом случае фамилия Зайончковский — оберег, а не насмешка. Третья, совсем слабая версия производит прозвище от глагола «заять» (прыгать) — так могли назвать подвижного, непоседливого ребёнка. Но эта гипотеза лингвистически шаткая: глагол «заять» редок и плохо стыкуется с суффиксом -чик.

Какая бы версия ни была верна, суффикс -овский (белорусский вариант -оўскі) превратил прозвище в фамилию по схеме «сын Зайончика» или «человек из рода Зайончиков». На территории бывшей Речи Посполитой такие фамилии часто получали не только шляхтичи, но и крестьяне, переселившиеся в другое село: их записывали по прежнему прозвищу отца. Так что предки Зайончковских могли быть как мелкими землевладельцами, так и вольными хлебопашцами — точное сословие без генеалогического поиска не установить.

В современном написании фамилия сохранила польско-белорусский отпечаток: сочетание -йон- вместо ожидаемого русского -ён- (ср. Заёнчковский) — верный признак того, что фамилия кристаллизовалась в западных губерниях Российской империи или на землях современной Беларуси.