Фамилия Зебельян — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение почти наверняка связано с армянским языком. Об этом говорит характерный суффикс «-ян», который в армянской традиции указывает на принадлежность к роду или происхождение (буквально «из рода такого-то»). Основа «Зебель» в этой модели, скорее всего, восходит к армянскому имени или прозвищу Зебел, которое, в свою очередь, может быть связано с тюркским словом «зебель» (в значении «слабый», «худой», «тщедушный»). Такое прозвище могли дать человеку невысокого роста или хрупкого телосложения. Есть и менее вероятная версия: связь с древнееврейским именем Зебул (Зевул), означающим «возвышенный», «обиталище», но она требует дополнительных лингвистических допущений.

В отличие от, скажем, фамилий на «-ов» или «-ин», которые у русских указывают на отца («чей сын»), армянский «-ян» фиксирует родовую принадлежность. Поэтому Зебельян — это «потомок Зебела». Географически фамилия встречается в основном среди армянских общин, но в силу миграций могла закрепиться и в других регионах бывшего СССР. Встречаются варианты написания: Зебелян (с одним «ь»), а также Зебелянц (с более старой, диалектной формой суффикса), но «Зебельян» — самый частый и грамматически правильный вариант для литературного армянского.

Интересно, что в русском языке фамилия выглядит как заимствование, и её носители в России, как правило, уже давно обрусели: окончание «-ян» не склоняется по правилам русской грамматики (Зебельян, Зебельяну, о Зебельяне), хотя в бытовой речи часто встречается ошибочное склонение. Социальный статус предков-носителей мог быть самым разным — от ремесленников до крестьян, поскольку армянские фамилии на «-ян» не были закреплены за каким-то одним сословием. Более точную локализацию (например, регион исторической Армении) установить без дополнительных генеалогических данных сложно, но само наличие фамилии указывает на то, что род Зебельянов существовал уже несколько столетий.