Фамилия Зеферов — одна из тех, где основа неочевидна на первый взгляд. Если отбросить типичный русский суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?»), остаётся корень «зефер». В русском языке такого слова нет, значит, искать нужно либо в тюркских, либо в греческих источниках.

Самая правдоподобная версия — греческое происхождение. В греческом языке «зефир» (ζέφυρος) — это западный ветер, в переносном смысле — лёгкое, тёплое дуновение. В русском языке это слово закрепилось как «зефир» (ветер, а позже и кондитерское изделие). Фамилия Зеферов могла возникнуть в среде греческого населения Причерноморья или среди тех, кто носил прозвище Зефер — возможно, за лёгкий нрав, подвижность или даже за профессию, связанную с морем и ветрами. Суффикс -ов здесь — результат обрусения фамилии, типичный для греческих, болгарских и молдавских фамилий на территории Российской империи.

Есть и тюркская версия, но она слабее. В тюркских языках есть слово «зәфәр» (победа, успех), заимствованное из арабского. Однако в русской передаче оно обычно даёт формы Зафаров или Зуфаров, а не Зеферов. Смена гласной «а» на «е» маловероятна для тюркских заимствований, поэтому греческая версия выглядит убедительнее.

Географически фамилия редкая. Встречается в основном на юге России, в Краснодарском крае и Ростовской области — как раз в зоне исторического расселения греков-понтийцев и крымских греков. Встречаются единичные носители в Армении и Грузии, что тоже указывает на закавказско-причерноморский ареал.

Среди однокоренных фамилий — Зефиров (с той же основой, но с «и»), а также Зеферовский (польско-украинская модель). Фамилия Зеферов — не массовая, и её носители, скорее всего, потомки греческих переселенцев, чьё прозвище или мирское имя со временем оформилось в русскую патронимическую форму.