Фамилия Зекен — редкий случай, когда мы имеем дело не с русским, а с немецким или еврейским наследием, которое попало в русский контекст. В отличие от подавляющего большинства восточнославянских фамилий, оканчивающихся на -ов, -ин или -ский, Зекен лишена суффикса принадлежности. Это прямая транслитерация немецкой фамилии Secken, которая, в свою очередь, восходит к топониму — названию населённого пункта.

Скорее всего, основа фамилии — это название города Зекен (Secken) в земле Северный Рейн-Вестфалия в Германии, либо неоднократно встречающееся в немецких землях слово Secke, означающее «мешок» или «бурдюк». Однако в ономастике более убедительной выглядит версия, что Зекен — это вариант фамилии Зеккендорф (Seckendorff), сокращённый или упрощённый при переселении. Известный дворянский род фон Зеккендорфов дал многочисленные ветви, и фамилия могла «потерять» окончание при адаптации в России, особенно если носитель был выходцем из прибалтийских немцев или колонистов Поволжья.

В России фамилия Зекен встречается крайне редко, в основном в местах исторического расселения немецких колонистов: в Саратовской, Самарской областях, а также в Санкт-Петербурге. Если предок носил такую фамилию, он, вероятнее всего, был лютеранином, ремесленником или земледельцем, выехавшим в Российскую империю по манифестам Екатерины II. В советское время написание могло исказиться из-за канцелярских ошибок: иногда Зекен путают с Цеккер или Зекин, но корень остаётся тем же.

Любопытно, что в русском языке фамилия не склоняется по падежам в мужском роде, если это немецкая основа (Иван Зекен, у Ивана Зекен), но если фамилия обрусела и осознаётся как русская, её могут склонять как существительное второго склонения (Зекена, Зекену).