Фамилия Зекерья — редкая и нестандартная для русской ономастики. Её происхождение напрямую связано с личным именем, которое в русской традиции почти не встречается, но хорошо известно в тюркских и исламских культурах. Основа фамилии — мужское имя Зекерья (варианты: Зекерия, Зекерьях). Это арабская форма библейского имени Захария (Захария, Закария), которое означает «Бог вспомнил» или «память Господа». Имя популярно у народов, исповедующих ислам: татар, башкир, крымских татар, народов Кавказа и Средней Азии.

Главная особенность фамилии — её морфология. В русском языке фамилии на -а, -я, -ья обычно склоняются и имеют женский род, но Зекерья — исключение. Она не получила типичных русских суффиксов -ов, -ев или -ин, которые «обрусели» бы основу. Фамилия застыла в форме именительного падежа, что характерно для фамилий неславянского происхождения, которые вошли в русский обиход относительно поздно или через официальные документы (например, метрические записи). Такие фамилии нередко встречаются у татар и башкир, где патронимическая модель не требовала добавления суффикса: Зекерья — это буквально «сын Зекерьи» или просто «потомок того, кого звали Зекерья».

Географически фамилия тяготеет к регионам с компактным проживанием тюркских народов: Татарстан, Башкортостан, Оренбургская область, а также Крым. Встречается и у кавказских народов, например, у кумыков или ногайцев, где имя Зекерья также распространено. Поскольку фамилия не имеет сословной окраски, предки носителя могли быть крестьянами, ремесленниками или духовными лицами — имя часто давали в честь пророка Закарии, почитаемого в исламе, поэтому не исключена связь со служителями мечети.

В русских документах XIX века фамилию могли записывать с искажениями: Зекерьев, Зекерьин, Зекирья. Современное написание Зекерья — наиболее близкое к исходному имени, без адаптации под славянские патронимические суффиксы. Это делает фамилию ярким маркером этнического и культурного происхождения её носителя.