Фамилия Зекеряева — редкий пример фамилии, образованной от арабского или тюркского личного имени с помощью русского патронимического суффикса. Основа здесь — мужское имя Зекерья (тюркская форма библейского и коранического Захария, Закария). В русской среде это имя встречалось у крещёных татар, башкир, а также у народов Северного Кавказа. Суффикс -ев указывает на принадлежность: Зекеряев — сын Зекерьи.

Интересно, что в русской ономастике фамилии на -ев, образованные от восточных имён, обычно закреплялись за служилыми татарами, переходившими на русскую службу в XVI–XVII веках. Однако фамилия Зекеряева встречается и в среде староверов Урала и Сибири. Это говорит о том, что имя могло бытовать не только у мусульман, но и у русских, которые перенимали его через соседей или через церковные святцы (имя Захария, Закхей).

Словообразовательный разбор показывает, что в основе стоит не прозвище и не профессия, а личное имя. Это типичная «именная» фамилия, каких много в русском языке, но с необычным корнем. Двойное «е» в начале (Зекеряев вместо ожидаемого Закерьяев) — результат фонетического упрощения: безударный гласный редуцировался, а написание закрепилось за произношением.

Географически фамилия Зекеряева тяготеет к Башкортостану, Татарстану и Оренбургской области. В дореволюционных списках она почти не фиксируется — это фамилия, которая стала массово оформляться у крестьян и мещан в XIX веке, когда государство проводило паспортизацию нерусского населения. Поэтому точную сословную привязку дать сложно: предки могли быть как государственными крестьянами, так и казаками.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Зекеряев стоит в одном ряду с Закерьяновым, Захаровым, Закхеевым. Отличие лишь в том, что форма Зекеря — более разговорная, диалектная, возможно, с влиянием тюркского произношения.