Фамилия Зекеряев — редкий случай, когда основа почти наверняка восходит к личному имени через тюркское посредство, а не к прозвищу или профессии. В её центре — имя Зекерья (вариант Закария, Захария), которое пришло в русский быт через татарский, башкирский или казахский язык. В исламской традиции пророк Закария (Зекерия) — отец Иоанна Крестителя (Яхья), имя означает «вспомнил Бог» или «Бог вспомнил». Фонетика фамилии (звонкое «з» в начале, твёрдое «р» и «е» после «к») указывает на восточное произношение, близкое к татарскому Zəkəriyə.

Суффикс -ев (а не -ов) здесь не случаен. В русских фамилиях -ев пишется после мягких согласных, шипящих и «ц», но в Зекеряев — случай иной: основа оканчивается на «я», и -ев присоединяется к мягкому звуку. Это типично для фамилий, образованных от имён на -я (ср. Зотеев, Аверин). Формально модель проста: Зекеря + ев = «сын Зекери». Однако интереснее другое: в документах XIX — начала XX века фамилия могла писаться и как Зекерьяев, и как Зекереев, и даже Зикеряев. Двойное «я» в середине (Зекер-я-ев) иногда упрощалось, и гласная «е» во втором слоге могла редуцироваться — отсюда разнобой в метрических книгах.

Географически Зекеряевы тяготеют к регионам с давним татарским и башкирским населением: Оренбуржье, Башкортостан, Татарстан, а также к Астраханской области. Встречается фамилия и у крещёных татар (кряшенов), у которых имя Захария нередко бытовало именно в форме Зекеря. Социальный состав носителей — в основном крестьяне и мещане, без выраженного дворянского следа. Это логично: фамилия возникла в среде, где имя отца (Зекеря) становилось фамилией для детей, и закрепилась в русской официальной записи через суффикс -ев.

Сравните с однокоренными: Зекерьянов (с суффиксом -ов, более поздняя русификация) или Зекеров (от усечённой основы). Зекеряев — самая архаичная форма, сохранившая полное имя-основу. Если искать параллель в русском ономастиконе, то это фамилии вроде Зиновьев (от Зиновий) или Корнеев (от Корней) — те же имена на -ей/-я, но с греческим корнем. Зекеряев же стоит особняком как пример адаптации библейского имени через тюркский языковой фильтр.