Фамилия Зекерьяева — это женская форма, а её основа — мужская фамилия Зекерьяев, которую образовали от личного имени Зекерья. Это имя — тюркская огласовка библейского и коранического имени Закария (Захария). В арабском языке корень имени означает «всегда помнящий об Аллахе», а в более широком смысле — «настоящий мужчина», «сильный и благородный». Родители, называя сына Зекерией, закладывали в имя пожелание честности, стойкости и благочестия.

Словообразовательная модель проста: к основе Зекерья- добавили русский патронимический суффикс -ев (вариант -ов после мягкого согласного), который указывает на принадлежность: «сын Зекерьи». Окончание -а делает фамилию женской. Такая модель типична для фамилий, возникших в среде крещёных тюркских народов Поволжья и Кавказа, где русская административная система соединялась с местными именами.

Есть и вторая, менее распространённая версия происхождения. Она возводит основу не к имени, а к турецкому прилагательному «zeki» — «умный, смышлёный, понятливый». В этом случае фамилия Зекерьяев могла возникнуть как прозвище: Зекерья — тот, кто славился острым умом. Однако эта гипотеза слабее, поскольку в тюркских языках прозвища редко оформлялись русским суффиксом -ев напрямую, а имя Закария в форме Зекерия широко бытует у крымских татар, кумыков, балкарцев и народов Дагестана.

Точное время и место возникновения рода Зекерьяевых устанавливаются только через генеалогические разыскания. Фамилия не относится к древним аристократическим — она фиксируется в метрических книгах и ревизских сказках в основном с середины XIX века, когда массово закреплялись фамилии у крестьян и горожан. Наиболее вероятный регион бытования — Северный Кавказ и Нижнее Поволжье.