Фамилия Зекрияев — редкий случай, когда основа почти наверняка восходит к личному имени, но с неочевидной огласовкой. В её основе лежит арабское имя Зекрия (Зекрийа), которое является вариантом библейского Захария (Закария) — в переводе «вспомнил Господь». Разница между привычным русскому уху Захаровым и Зекрияевым — в пути заимствования: имя пришло не через греческую и славянскую традицию, а напрямую из тюркской среды, где арабское «Закария» превратилось в «Зекерия», «Зекрия».

Модель образования проста и прозрачна: к основе Зекрия- добавлен тюркский притяжательный аффикс -ев, указывающий на принадлежность («сын Зекрии»). Фамилии на -ев с основой из мусульманского именника — обычное дело для народов Поволжья, Северного Кавказа и Средней Азии, но в русском контексте Зекрияев встречается редко. Если носитель фамилии — русский по самоощущению, это почти наверняка указывает на предка, принявшего православие из татарской, башкирской или кавказской семьи, где имя Зекрия было в ходу.

Словообразовательно фамилия стоит в одном ряду с Абдуллаевым, Ибрагимовым или Рамазановым — те же суффикс и модель. Но её отличие — в редкости самого имени-основы: Захарий в русской среде дал Захарова, а Зекрия — только Зекрияева. Встретить эту фамилию можно в Татарстане, Башкортостане, в среде кумыков и чеченцев, а также в русских областях, куда в XIX–XX веках переселялись крещёные татары.

Других версий происхождения, кроме именной, у фамилии нет. Попытки вывести её из географического названия или прозвища несостоятельны — слишком прозрачна арабская этимология корня. Так что предок первого Зекрияева с высокой вероятностью носил имя Зекрия и был мусульманином, либо его сын уже сменил веру и записал фамилию по отцу.