Фамилия Зекрина — женская форма мужской фамилии Зекрин, а та образована от прозвища или мирского имени Зекря. В русской ономастике суффикс -ин стандартно указывает на принадлежность: «чей?» — Зекрин, то есть сын или потомок Зекри. Основа здесь неочевидна на первый взгляд, и это как раз тот случай, когда стоит разобрать несколько версий, отбросив надуманные.

Самое вероятное объяснение — связь с диалектным словом «зекря» или «зекрый». В северных и сибирских говорах так называли человека с прищуренными или подслеповатыми глазами, того, кто щурится. Глагол «зекрить» означал «смотреть пристально, щурясь». Прозвище Зекря могли дать близорукому или просто имевшему привычку щуриться человеку. Такие прозвища по физической особенности — один из самых распространённых источников русских фамилий.

Реже, но тоже возможно, что в основе лежит тюркское имя или прозвище. В ряде тюркских языков «зекер» или «зекир» восходит к арабскому «зикр» — поминание, восхваление. Однако форма Зекря скорее характерна для русской народной переделки такого имени, чем для прямого заимствования. В этом случае фамилия могла бы указывать на мусульманские корни предка, но славянская модель образования (суффикс -ин) говорит, что носитель давно обрусел.

Фамилия редкая, не входит в число распространённых. Встречается в Поволжье и на Урале — регионах, где веками смешивались русское и тюркское население. Именно там диалектное «зекря» было в ходу, и там же могли адаптировать восточное имя. Однозначно определить, какая из двух версий верна для конкретной семьи, можно только по документам и локальной истории рода.

Мужская форма — Зекрин. Фамилия недворянская, скорее всего, крестьянская или мещанская, поскольку образована от прозвища, а не от имени святого или географического названия.