Фамилия Зекунунов — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В ней сразу заметна нестандартная основа: «Зекунун». Скорее всего, перед нами фамилия, образованная от прозвища или мирского имени, которое, в свою очередь, могло быть связано с тюркскими языками. Модель образования — суффикс -ов, типичный для русских фамилий, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Зекунуна).

Вероятнее всего, в основе лежит тюркское слово «зек» (или «зеке»), которое в разных диалектах может означать «наказание», «кара» или «назидание». Вторая часть «унун» — сложнее. Она может быть искажением слова «унут» (забвение) или частью личного имени. Если собрать вместе, прозвище Зекунун могло означать что-то вроде «помнящий о наказании» или «избегающий кары» — возможно, его давали человеку осторожному, предусмотрительному, либо тому, кто пережил серьёзное испытание и сделал выводы.

Не исключено, что фамилия имеет более прозаичное происхождение — от названия местности. В кавказском регионе, особенно в Дагестане, встречаются топонимы с корнем «зек» (например, село Зекер). В таком случае Зекунун — это адаптированный вариант названия аула или урочища, а его житель получал прозвище по месту выхода. Суффикс -ов окончательно «обрусел» фамилию, когда носитель переселился в русскоязычную среду.

Географически фамилия Зекунунов тяготеет к югу России, особенно к Ставропольскому краю и Ростовской области — регионам, где исторически смешивались русские и тюркские (ногайские, кумыкские) элементы. В дореволюционных метрических книгах эта фамилия почти не встречается, что говорит о её позднем оформлении или о малочисленности рода. Сословно предки, скорее всего, были государственными крестьянами или казаками — в этих средах прозвища на тюркской основе были обычным делом.

Ещё одна версия, хоть и менее вероятная, связывает фамилию с греческим словом «зекос» (ζέκος) — «пахарь», «земледелец». Если носители были выходцами из понтийских греков, переселившихся в Россию в XIX веке, то Зекунун могло быть искажением греческой фамилии Зекос или Зекунидис с добавлением русского окончания. Но для этой гипотезы мало доказательств: фамилия слишком редка, а звучание «унун» — нехарактерно для греческого языка.

Коротко: Зекунунов — фамилия-загадка, но наиболее правдоподобно её выводить из тюркского прозвища со значением «наказанный» или «помнящий урок». Род, скорее всего, крестьянский или казачий, с южных окраин России. Точных данных о знаменитых носителях нет — фамилия остаётся локальной и немногочисленной.