Фамилия Зекунов — один из тех редких случаев, когда происхождение опирается на диалектное произношение. В основе лежит прозвище Зекун, которое является «екающей» формой слова «зикун» (произносили «з’икун», а на письме и в быту закрепилось через «е»). Это не описка, а живая народная фонетика, характерная для ряда центральных и южнорусских говоров.

Корень здесь — «зык-» / «зыч-». Он хорошо знаком нам по русскому прилагательному «зычный» (громкоголосый, звонкий) и украинскому глаголу «зикати» (громко говорить, кричать). Таким образом, Зикун — это человек с мощным, сильным голосом, крикун или певун, которого было слышно далеко. В крестьянской среде такое прозвище давали либо глашатаю, либо просто обладателю редкой голосистости.

Фамилия образована по стандартной патронимической модели: суффикс -ов указывает на принадлежность — «сын Зекуна». То есть Зекунов — это потомок того самого Зикуна.

С точки зрения словообразования фамилия примечательна тем, что сохранила редкий диалектный вариант корня. В отличие от распространённых фамилий вроде Зыков (от «зыкать» — кричать), Зекунов стоит особняком. Если Зыковы — «громкие», то Зекуновы — буквально «екающие» Зыковы, что выдаёт конкретную говоровую среду предков.

Географически фамилия встречается нечасто. Наиболее плотные следы — в Поволжье и на юге России, где «еканье» было нормой. Сословно, скорее всего, это крестьянская или мещанская фамилия: прозвища по голосу давали в среде, где личные качества ценились выше родословной. Дворянских родов Зекуновых в истории не зафиксировано.