Фамилия Зекунов образована от личного прозвища и относится к распространенному типу русских фамилий. Прозвище Зекун, вероятно, образовано от «екающей» формы нарицательного «зикун», которое предположительно связано с корнем «зык-»/«зыч-». Этот корень встречается, например, в русском прилагательном «зычный» («громкоголосый») и в украинском глаголе «зикати» («громко говорить»). Скорее всего, человек, прозванный Зикуном, обладал громким, сильным, звучным голосом. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Зекун, со временем получил фамилию Зекунов. О точном месте и времени возникновения фамилии Зекунов в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Зекунов представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.