Фамилия Зекуновы образована от прозвища, которое дали человеку с очень громким голосом. В основе лежит слово «зикун» — так в некоторых русских говорах называли крикуна или горлопана. Корень здесь тот же, что в прилагательном «зычный» и в украинском глаголе «зикати» (громко говорить). Переход «и» в «е» в первой букве — типичное для северных и центральных говоров «еканье», когда безударное «и» произносят как «е». Так Зикун превратился в Зекуна, а его дети стали Зекуновыми.

Фамилия строится по простой и распространенной модели: прозвище на -ун плюс типичный русский суффикс принадлежности -ов. Суффикс -ун в русских прозвищах активно использовался для характеристики человека по действию или свойству: бегун, говорун, крикун. Зекун — из того же ряда, только с более узким, диалектным значением. Такие фамилии редко выходят за пределы региона, где бытовало исходное слово, поэтому Зекуновых стоит искать в первую очередь в областях, где «екали» и где корень «зык-» был в ходу — это север и северо-восток европейской России.

В дореволюционных документах фамилия могла записываться через «и» — Зикунов. Вариант с «е» закрепился в письменности позже, под влиянием живого произношения. Оба написания встречаются в метрических книгах XIX века, что говорит о недавней фиксации фамилии в официальных бумагах: крестьянские и мещанские фамилии часто «плавали» в написании, пока не попадали в ревизские сказки или переписи.

В отличие от многих фамилий, образованных от крестильных имён, Зекуновы не несут религиозного подтекста. Это чисто бытовое, уличное прозвище, которое закрепилось за родом. Такие фамилии — ценный материал для диалектологов и историков языка: они сохраняют живые черты народной речи, которые не попали в литературный язык. Фамилия Зекунов — не просто родовое имя, а застывшая фонетическая особенность говора, по которой можно восстановить, как звучала речь предков.