Фамилия Зельбухаров — редкий случай, когда на стыке двух языков родилась фамилия, которую почти невозможно встретить в типовых справочниках. Её основа — составное слово, и чтобы понять его, придётся разобрать его на части, а не искать готовую «фамильную» этимологию.

Первая часть, «Зель-», с высокой вероятностью восходит к тюркскому или арабскому имени Зель (Zel), которое в разных диалектах может означать «тень», «призрак» или быть вариантом имени Закир (помнящий). Вторая часть, «-бухар», прямо указывает на город Бухару или на бухарцев — этническую группу, исторически связанную с Центральной Азией. Таким образом, основа «Зельбухар» — это, скорее всего, личное прозвище или имя, данное человеку, который либо родился в Бухаре, либо имел с ней прочную связь, а «Зель» уточняло его индивидуальную характеристику.

Суффикс «-ов» — классический русский патронимический формант, который в XIX–XX веках массово присоединялся к фамилиям нерусских народов при их русификации. В данном случае он превратил имя Зельбухар в фамилию, отвечающую на вопрос «чей?» — то есть «сын Зельбухара». Модель образования типична для фамилий, которые возникли в среде татар, башкир, а также народов Кавказа и Средней Азии, попавших в зону русского административного влияния.

Географически фамилия Зельбухаров почти наверняка привязана к регионам, где традиционно жили бухарские евреи, либо к татарским и узбекским общинам. Бухарские евреи, мигрировавшие в Российскую империю в XIX веке, нередко получали фамилии по названию родного города (Бухаров, Бухари), а добавление личного имени в основу — распространённый способ отличить одну семью от другой. Впрочем, не исключён и вариант, что предок носителя фамилии был просто торговцем, ходившим в Бухару, и получил прозвище «Зельбухар» (Зель-бухарец).

Социальный контекст: фамилия недворянская, скорее всего, принадлежала к купеческому или ремесленному сословию. В дореволюционных метриках и ревизских сказках её можно искать по Оренбургской губернии, Туркестанскому краю или в записях татарских слобод Поволжья. Альтернативная версия — связь с именем Зильбухар (Zilbuhar), которое встречается у некоторых тюркских народов как вариант имени Зульфикар, но это менее вероятно, так как «Зель-» в фамилии не даёт чёткой арабо-мусульманской огласовки.

Сегодня фамилия остаётся крайне редкой. В открытых базах данных и телефонных справочниках России и стран СНГ она почти не фиксируется, что говорит либо о малочисленности рода, либо о сильном изменении написания при миграции (например, в Зельбухаров, Зильбухаров, Зельбухаров). Для носителя это — прямое указание на среднеазиатские корни и, вероятно, на еврейское или татарское происхождение предков.