Фамилия Зульбухаров — редкий пример фамилии, образованной от сложного арабского имени. Её основа — мужское имя Зульбухар (встречаются варианты Зульбухар, Зульбукар). Первая часть «зуль» переводится с арабского как «обладатель» или «владелец». Вторая часть — «бухар» — отсылает к городу Бухара (исторический центр на территории современного Узбекистана). Таким образом, имя Зульбухар означает «обладатель Бухары» или «родом из Бухары». Это типичная для мусульманского мира модель образования имени-прозвища по месту происхождения или владения (ср. Зульфикар — «обладатель позвонков», но в ином значении).

Фамилия образована по русской патронимической модели: к основе Зульбухар добавили суффикс -ов, который в русском языке указывает на принадлежность («чей?» — Зульбухаров, то есть сын Зульбухара). Это говорит о том, что предок носителя фамилии, скорее всего, жил на территории, где русская администрация или церковь фиксировала фамилии по отцу, — в Поволжье, на Урале или в Западной Сибири, куда в XIX веке переселялись татары, башкиры и представители других тюркских народов. Среди татар и башкир фамилии на -ов встречаются повсеместно, и Зульбухаров — одна из них.

Необычность фамилии в том, что имя Зульбухар не относится к числу распространённых коранических имён (как Мухаммад или Абдулла). Оно скорее указывает на конкретную географическую привязку предка — возможно, выходца из Бухарского эмирата или человека, который вёл торговлю с Бухарой и получил такое прозвище. Другая, менее вероятная версия: «бухар» может быть искажением арабского «бухр» (море), но тогда имя означало бы «обладатель моря», что для кочевых и оседлых народов Средней Азии маловероятно.

Географически фамилия встречается в основном в Татарстане, Башкортостане и в среде татарской диаспоры. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках её почти нет, что объяснимо: многие мусульманские фамилии окончательно закрепились только в советское время, при паспортизации 1930-х годов. Тогда же могли появиться варианты написания — через «к» (Зульбукаров) или с ударением на последний слог.