Фамилия Зельфонд — редкий случай, когда основа не славянская, а немецкая или идишская, но оформлена она по русской модели фамилий на согласный. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий (Иванов, Кузнецов, Петров), которые заканчиваются на -ов/-ев или -ин, Зельфонд — это чистая основа без суффикса. Такие фамилии в России получали в основном еврейские семьи в XIX — начале XX века, когда при переходе на постоянные фамилии (по указу 1804 года и позднее) им нередко просто записывали прозвище или профессию в исходной форме.

Корень фамилии составной: «Зель» (от немецкого Seel — душа, или от идишского זעל — соль) и «фонд» (от немецкого Fund — находка, клад, или от идишского פֿונד — дно, основание). Самая правдоподобная версия — прозвище, возникшее в среде еврейских торговцев или ремесленников. «Зельфонд» могло означать «соляной клад» (торговля солью была распространена) или «душевная находка» (метафорическое прозвище доброго человека). Вторая, менее вероятная гипотеза — топонимическая: от названия населённого пункта, например, местечка Зельва в Беларуси (звучит отдалённо) или немецкого города Зельф (Self), но фонетика «фонд» там не объясняется.

Географически фамилия Зельфонд встречается в основном у потомков еврейских семей из черты оседлости — западные губернии Российской империи (Беларусь, Украина, Польша). После революции и в советское время носители разъехались, и сейчас Зельфондов можно встретить в России, Израиле, США и Германии. Фамилия никогда не была массовой — это штучный случай, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска: если вы Зельфонд, ваши предки почти наверняка были ашкеназскими евреями, жившими в местечках или городах западных губерний.

Словообразовательно фамилия интересна тем, что не обросла типичными русскими суффиксами. Она осталась «голой» — как Лермонтов, Пастернак или Эйнштейн, но в бытовой среде. Никаких вариантов вроде Зельфондов или Зельфондский не зафиксировано, хотя в документах могли писать с ошибками (Зельфонт, Зельфанд). Если искать аналоги, то можно вспомнить фамилии Зельцер (от названия минеральной воды), Зельдин (от Зельда — женское имя) или Зельдович (патроним), но Зельфонд стоит особняком — это не патроним и не топоним, а скорее прозвище по занятию или свойству.