Фамилия Зенищев — редкая и примечательная по своей словообразовательной модели. Она построена по схеме, нехарактерной для массовых русских фамилий: основа Зенищ- плюс суффикс -ев. Суффикс -ев здесь указывает на принадлежность к роду (чьих будете? — Зенищевых), но основа — не каноническое имя и не профессия, а скорее прозвище или производное от имени.

Самая вероятная версия происхождения — от уменьшительно-ласкательной формы имени Зенон. Имя Зенон (от греческого «Зенон» — «божественный», в честь бога Зевса) в народной среде давало ряд производных: Зеня, Зеник, Зениш, Зенища. Форма Зенища — это экспрессивное, «увеличительное» или просторечное образование, характерное для говоров северо-западных областей. Суффикс -ищ- в русских прозвищах часто придавал оттенок крупного, значительного или даже грубоватого: мужичища, детина. Соответственно, Зенища — это «большой Зеня» или, с иронией, «важный Зеня». От этого прозвища и пошла фамилия Зенищев: сын Зенищи, потомок человека по прозвищу Зенища.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным словом «зеница» (глаз, зрачок). В этом случае прозвище Зенища мог получить человек с большими, выразительными глазами или, наоборот, с особенностью зрения. Однако фамилии от анатомических терминов в русской ономастике встречаются реже, чем от личных имён, и форма «Зенища» как производное от «зеница» звучит искусственно — обычно такие прозвища давали в уменьшительной форме (Зеница, Зеничка). Поэтому версия с именем Зенон убедительнее.

Географически фамилия привязана к центральным и северо-западным губерниям России. В дореволюционных переписях Зенищевы фиксировались в Тверской, Новгородской и Псковской губерниях — именно в тех регионах, где имя Зенон в народных формах было распространено, а суффикс -ищ- активно использовался в прозвищах. Сословно это были преимущественно крестьяне и мещане, редко — духовенство (в среде священников имя Зенон встречалось чаще, но там фамилии обычно образовывались по другим моделям — Зенонов, Зенонский).

Таким образом, Зенищев — фамилия, которая ведёт род от человека по прозвищу Зенища, скорее всего, от имени Зенон. Она сохранила редкую для русских фамилий модель с суффиксом -ищ- в основе, что делает её ценной для историков языка и для тех, кто ищет свои корни в тверских или новгородских землях.