Фамилия Зеников — это типичное русское отчество второго порядка. Её основа — прозвище или уменьшительное имя Зеник, которое, в свою очередь, образовано от имени Зеня. Суффикс -ик в данном случае имеет уменьшительно-ласкательное значение, как в именах Петрик, Ванек или Костик. Таким образом, Зеников — это буквально «сын Зеника и внук Зени».

Само имя Зеня — это народная, сокращённая форма нескольких полных церковных имён. Чаще всего его связывают с именем Зенон (от греческого Зенон — «божественный»). Реже — с именем Зиновий (греческое Зиновиос — «богоугодно живущий», «божья жизнь»). В быту оба имени давали одинаковые уменьшительные формы: Зеня, Зена, Зенюта. Имя Зенон встречалось в святцах, но было редким, поэтому фамилия Зеников не получила массового распространения.

С точки зрения словообразования, фамилия прошла путь: Зеня → Зеник → Зеников. Суффикс -ов указывает на принадлежность: «чей?» — Зеников. Такая модель была особенно продуктивна в XV–XVII веках, когда на Руси формировались родовые прозвания. Если предок носителя фамилии был просто Зеней (сыном Зенона или Зиновия), то его внук уже записывался как Зеников.

В отличие от фамилий на -ин (например, Зенин), форма -ов чаще встречалась в северных и центральных областях России, а также в среде крестьян и служилых людей. Встречаются варианты написания Зенников (с удвоенной «н») — они могли возникнуть из-за диалектного произношения или ошибок писцов, но основная и исторически верная форма — именно с одной буквой «н».

Таким образом, фамилия Зеников хранит память о редком каноническом имени Зенон и о той эпохе, когда отчество становилось наследственной фамилией.