Фамилия Зенюткин — редкий случай, когда суффикс не просто оформляет фамилию, а сам становится ключом к её происхождению. Если бы это было Зенютков, корень был бы ясен: от имени или прозвища Зенютка, скорее всего, производного от Зенон (греческое «божественный») или от диалектного «зенки» (глаза). Но суффикс -ин указывает на принадлежность к матери: Зенюткин — буквально «чей?» — сын Зенютки. В русской традиции отчества на -ин давались по матери, если женщина была вдовой, главой семьи или её имя/прозвище было более употребительным в округе.

Основа Зенютка — это уменьшительная форма, причём не от канонического Зенон, а скорее от просторечного Зеня или Зенютя. В говорах северных и центральных губерний «зенки» означали глаза, а «зенють» — глазеть, таращиться. Прозвище Зенютка могли дать человеку с большими, выразительными глазами или, наоборот, подслеповатому, который щурился. Вторая версия — от крестильного имени Зиновий (греческое «живущий по-божески»), которое в народной речи сокращалось до Зеня, а ласкательная форма — Зенютка.

Географически фамилия тяготеет к Вятке и Пермской губернии, где суффикс -ин в фамилиях от женских основ встречается чаще, чем в центральной России. Это говорит о том, что предок Зенюткин мог быть выходцем из среды, где женщина играла заметную роль в хозяйстве, или же фамилия закрепилась за внебрачным ребёнком, которого записывали по матери. В любом случае, социальный контекст здесь не дворянский, а скорее крестьянский или мещанский.

В отличие от распространённых Зенкиных и Зеновых, Зенюткин сохранил редкий уменьшительный суффикс -ютк-, который придаёт фамилии оттенок ласковости. Если бы не суффикс -ин, можно было бы подумать на украинское или белорусское влияние, но севернорусская огласовка надёжно локализует фамилию.