Фамилия Жабагин образована от прозвища Жабага, а то, в свою очередь, — от киргизского слова «жабага», то есть «овечья шерсть». Связь с шерстью сразу подсказывает, кем мог быть первый носитель прозвища: скорее всего, он либо разводил овец, либо занимался переработкой шерсти и изготовлением из неё войлока, пряжи или одежды. Такие «профессиональные» прозвища были распространены в тюркской среде, где род занятий часто становился основой для именования человека.

Словообразовательная модель здесь простая и типичная для русских фамилий тюркского происхождения: к основе Жабаг- добавляется русский суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?»). Изначально форма Жабагин означала «сын Жабаги» или «потомок того, кого звали Жабага». В русском языке фамилии на -ин чаще всего образовывались от основ, оканчивающихся на -а или -я, что и произошло в данном случае.

Фамилия эта довольно редкая и имеет чёткую географическую привязку. Основной ареал бытования фамилии Жабагин — юг России, особенно Карачаево-Черкесия и Кабардино-Балкария. Встречается она и в Казахстане, что неудивительно, учитывая тюркские корни основы. В центральных русских областях эта фамилия почти не фиксируется.

Стоит обратить внимание на редкий для русской ономастики случай: основа «жабага» не имеет ничего общего с русским словом «жаба». Это чисто тюркский корень, и любые попытки связать фамилию с земноводным — ошибка. В киргизском языке «жабага» обозначает именно овечью шерсть, чаще всего весеннюю, состриженную с ягнят. Встречается также значение «годовалый ягнёнок» — в некоторых тюркских диалектах слово могло указывать и на возраст животного. Если принять эту версию, прозвище могло относиться к человеку по сходству с ягнёнком — например, за мягкий нрав или кудрявые волосы. Но первая версия — профессиональная — выглядит убедительнее, потому что именования по ремеслу встречаются чаще, чем метафорические прозвища от названий молодняка.

В написании фамилии возможны варианты: Жабагин и реже Жабаган — последняя форма встречается в казахской среде, где суффикс -ов более типичен для русификации фамилий. Однако вариант на -ин закрепился как основной, вероятно, под влиянием русской грамматической традиции.