Фамилия Жабинцев образована по редкой словообразовательной модели. В ней сочетаются два суффикса: сначала топонимический -ин(ец) (указывающий на жителя определённой местности), а затем патронимический -ев (отвечающий на вопрос «чей?»). То есть Жабинцев — это буквально «сын (или потомок) человека, который был родом из Жабина». Такой двойной суффикс — -инцев — встречается нечасто; он характерен для фамилий, закрепившихся за выходцами из сёл и деревень, где название заканчивалось на -ино.

На территории России есть несколько населённых пунктов с названием Жабино: в Гатчинском районе Ленинградской области, Чаплыгинском районе Липецкой области, Усвятском районе Псковской области и других. Основатель рода Жабинцевых, скорее всего, жил или владел землёй в одном из этих мест, за что и получил прозвище Жабинец — «житель Жабина». Со временем это прозвище закрепилось за его детьми и внуками в форме притяжательного прилагательного.

Менее вероятна версия, что фамилия напрямую связана с нецерковным именем Жаба. Такие имена в древности давали по внешним признакам или поведению, но в данном случае топонимическое происхождение выглядит убедительнее: суффикс -инец чётко привязан к географическому названию, а не к личному прозвищу. Если бы основой было имя Жаба, фамилия, скорее всего, приняла бы форму Жабин или Жабкин, без усложнённого суффикса.

Таким образом, большинство носителей фамилии Жабинцев — потомки выходцев из одного из многочисленных сёл Жабино, разбросанных по центральным и северо-западным областям России.