Фамилия Жакоте — одна из тех, что сразу выдают нерусское происхождение. Она франкоязычная и в России встречается крайне редко, в основном у потомков французов, переселившихся в страну в XVIII–XIX веках. Разбирать её по русским суффиксам вроде -ов или -ин бессмысленно: модель образования здесь западная, а основа — французское личное имя или прозвище.

В основе фамилии лежит французское имя Jacques (Жак), которое восходит к библейскому Иакову. Суффикс -ot во французском языке — уменьшительно-ласкательный, как и русское -к- в имени Ванька или Петька. Таким образом, Жакоте (Jacquot) — это «Жако», «Жаченька», «маленький Жак». Такая модель типична для французских фамилий, образованных от крестильных имён: Пьеро, Мишо, Жако. В некоторых диалектах слово «жако» могло также означать попугая, но для фамилии это маловероятная версия: прозвища по птицам во Франции встречаются, но имя Jacques давало более естественную основу.

В Россию фамилия попала вместе с волнами французской эмиграции. После Великой французской революции, а затем после Отечественной войны 1812 года в стране осели гувернёры, ремесленники, офицеры. Жакоте могли быть учителями французского языка, кондитерами, виноделами или часовщиками — типичные занятия для французов в Российской империи. Встречается фамилия и у потомков швейцарских французов, например, из кантона Во, где форма Jacot или Jacottet распространена.

С точки зрения русского уха фамилия звучит необычно, и её носители часто сталкиваются с вопросами о происхождении. В дореволюционных документах написание могло варьироваться — Жако, Жакоте, Жакоте́, с ударением на последний слог. Сегодня это редкая, но живая память о тех, кто привёз в Россию французский язык и ремёсла.