Фамилия Жанагулов — редкий случай, когда в основе лежат сразу два женских имени. Её образовали от составного имени Джанагул (встречается и вариант Жанагул), которое сложилось из двух мусульманских имён: Джана и Гул. С персидского «джана» переводится как «любимая», «душа», а «гул» — «цветок», «цветущая». Вместе они дают значение «любимый цветок» или «цветущая душа».

По модели образования фамилия типична для тюркских и кавказских народов: к основе Жанагул добавили русский патронимический суффикс -ов, который закрепился в документах при унификации фамилий в XIX — начале XX века. Таким образом, Жанагулов буквально означает «потомок (сын) того, кого звали Жанагул». Исходное имя могло быть дано девочке, но фамилия передалась по мужской линии, что часто встречается, когда родовое прозвище или имя матери становилось основой для фамилии сына.

Фамилия бытует преимущественно в Казахстане, Киргизии, а также среди башкир и татар. Встречаются варианты написания: Жанагулова (женская форма), а также Джанагулов — с начальным «дж», что ближе к персидскому произношению. В русскоязычной среде буква «ж» закрепилась под влиянием местных говоров, где «дж» переходит в твёрдое «ж».

Споров вокруг происхождения фамилии почти нет: обе части имени прозрачны и хорошо изучены в ономастике. Редкость фамилии в том, что она сохранила двойную женскую основу, что нехарактерно для патронимических фамилий, образованных обычно от мужских имён. Предки носителя фамилии, скорее всего, были людьми, ценившими поэтичные имена-пожелания: имя Жанагул давали в надежде, что девочка вырастет любимой и прекрасной, как цветок.