Фамилия Жанкалов — редкий пример, в котором тюркское имя и русский суффикс встретились не на Волге или Урале, а, скорее всего, в казахской степи. Основа здесь — мужское имя Жанкал. Оно составное: «жан» (душа, человек) и «кал» (оставайся, останься). В тюркской ономастике такие имена-пожелания давали, чтобы уберечь ребёнка от смерти: «пусть душа останется», «живи». Суффикс -ов — классический русский патронимический показатель, который в XIX — начале XX века массово приписывали при оформлении документов нерусскому населению Российской империи.

Географически фамилия тяготеет к Западному Казахстану и приграничным регионам России. В метрических книгах и ревизских сказках Актюбинской, Уральской и Гурьевской областей встречаются записи о казахах, которым при переходе в оседлость или при получении паспорта давали фамилию по имени отца. Жанкалов — как раз такой случай: деда звали Жанкал, сын стал Жанкаловым.

В русском языке фамилия выглядит как притяжательное прилагательное, но по сути она сохраняет звучание исходного имени почти без изменений. Это отличает её от многих русифицированных тюркских фамилий, где корень часто усекали или переделывали. Здесь же — прозрачная этимология: кто такой Жанкал, понятно любому казаху или татарину, а суффикс лишь указывает на родство.

Можно встретить вариант написания с одной «л» — Жанкалов, но нормативным для русской орфографии считается двойная «л», так как в исходном имени «кал» пишется через одну «л», а суффикс -ов добавляет вторую. В дореволюционных документах встречаются оба варианта, что типично для фамилий, записанных со слов чиновником, не знавшим тюркских языков.