Фамилия Жапарханов — тюркская по происхождению, и её разумнее всего рассматривать в контексте казахской, киргизской или узбекской антропонимии. В русском языке она получила оформление по русской модели: к основе добавили суффикс -ов, который в данном случае не столько «русский», сколько стандартный для адаптации тюркских фамилий в документах Российской империи и СССР.

Основа — мужское имя Жапархан. Оно составное, и в нём два компонента. Первый, «Жапар» (варианты: Джапар, Япар), восходит к арабскому «джафар» — «ручей», «источник» или «маленький ручей». В исламской традиции это имя одного из сподвижников пророка Мухаммеда, поэтому оно широко распространено у мусульманских народов. Второй компонент, «хан», — тюркский титул, который в именах часто выступал как пожелание власти, величия или просто почётная приставка. Таким образом, Жапархан можно перевести как «хан-источник» или «владыка, подобный роднику», хотя в бытовом сознании имя воспринималось цельно, без поэтического подтекста.

Фамилия образована от имени отца по прямой линии: сына Жапархана называли Жапархановым. В русской среде это означало бы «принадлежащий Жапархану», но в тюркской традиции патроним просто фиксировал родство. Носители фамилии — потомки человека по имени Жапархан, который жил, скорее всего, в XVIII–XIX веках, когда у казахов и киргизов начали массово фиксировать фамилии по отцовскому имени при переписях и призыве в армию.

Географически фамилия тяготеет к южным регионам Казахстана (Жамбылская, Туркестанская области) и к северу Киргизии. Встречается она и у татар, но реже — у татар больше распространена форма «Джафаров» от того же арабского корня, но без ханского титула.

Стоит обратить внимание на написание. В русских документах фамилию могли записать как «Джапарханов», через начальное «Дж», что точнее передаёт арабское произношение. Вариант «Жапарханов» — это или казахская/киргизская адаптация (где «ж» читается твёрдо), или поздняя русификация. Оба написания встречаются, но не как разные фамилии, а как исторические колебания на письме.

Сословного значения фамилия не несёт: Жапархан мог быть и рядовым скотоводом, и старшиной рода. Титул «хан» в имени — это не указание на реальный социальный статус, а традиционный компонент, как в русских именах «князь» или «царь» в крестьянской среде.